یکی از دغدغه های اصلی در کشور و نیز دانشگاه ها ایجاد مرجعیت علمی است. به نظر می رسد که در حوزه علوم کامپیوتر مرجعیت علمی چندان رسمیت نیافته است. از دلایل این امر وجود دانشکده های مهندسی کامپیوتر بوده است که تعداد هیات علمی و دانشجویان بیشتری در سه مقطع کارشناسی، ارشد و دکتری دارا می باشند و لذا تنوع دروس، آزمایشگاه ها و پروژه های مرتبط را در دانشکده های مهندسی کامپیوتر ایجاد نموده است. در دانشکده های ریاضی که همکاران علوم کامپیوتر اکثرا به این دانشکده ها تعلق دارند نیز به دلیل کم بودن تعداد هیات علمی مرتبط با علوم کامپیوتر، تنوع دروس و پروژه های مرتبط و نیز آزمایشگاه های تخصصی برای آموزش مهارت های علوم کامپیوتر پایین است. البته در برخی دانشگاه ها گروه های علوم کامپیوتر دانشکده های ریاضی با همکاران خود در دانشکده های مهندسی کامپیوتر ارتباط و همکاری بیشتری دارند و ضعف های هر قسمت با نقاط قوت دیگری در حال پوشش دادن است. در برخی از دانشگاه ها متاسفانه این نوع همکاری نیز وجود ندارد و بعضا برای اساتید و دانشجویان امکان بهره مندی از پتانسیل های دانشکده های مهندسی کامپیوتر وجود ندارد و یا بعضا جنبه های غیردوستانه غالب تر است.
تا زمان حل مشکل کمبود هیات علمی برای تقویت گروه های علوم کامپیوتر، لازم است برنامه های دیگری اندیشیده شود. یکی از راه حلهایی که به نظر می رسد می تواند تاثیری زیاد در ایجاد مرجعیت علمی علوم کامپیوتر داشته باشد، فعالیت بیشتر همکاران و دانشجویان علوم کامپیوتر در مجامع علمی نظیر کنفرانسها و مجلات مرتبط است. خوشبختانه در چند سال اخیر کنفرانسهای زیادی مرتبط با علوم کامپیوتر در دانشگاه های بزرگ و کوچک سراسر کشور در حال برگزاری است. یکی از کارهایی که کمیسیون علوم کامپیوتر و همکاران و دانشجویان و کلیه علاقمندان علوم کامپیوتر می توانند انجام دهند،  معرفی این کنفرانسها به صورت کاملا خلاصه و مفید می باشد.
نکته دیگری که می تواند مرجعیت علوم کامپیوتر را تقویت نماید، توسعه و ارتقای مجلات تخصصی تر مرتبط با علوم کامپیوتر است. در واقع اگر همکاران محترم علوم کامپیوتر بتوانند برای ایجاد مجلات علوم کامپیوتر در دانشگاه یا شرکت یا پژوهشکده خود، اقدام نمایند، قطعا در ایجاد مرجعیت علمی موثر خواهد بود. معرفی این مجلات توسط کمیسیون علوم کامپیوتر نیز می تواند  سبب بالارفتن نرخ ارسال مقاله به مجلات مرتبط با علوم کامپیوتر در کشور که بعضا رتبه های مختلف علمی-پژوهشی وزارت عتف را در اختیار دارند،  شده و موجب مشخص تر شدن این مرجعیت علمی در بین اصحاب دانش و دانایی گردد. حتی مجلات ریاضی رفته رفته شاخه تخصصی علوم کامپیوتر را در فهرست زمینه های کاری خود قرار داده و همکاران علوم کامپیوتر را به عضویت سردبیران این مجلات در می آورند.
از سوی دیگر، به تدریج، با بالارفتن ارجاعات به مجلات داخلی (فارسی و انگلیسی) توسط اندیشمندان علوم کامپیوتر، مرجعیت علمی علوم کامپیوتر در بعد داخلی و بین المللی تقویت می شود.
شایان ذکر است پذیرش مرجعیت علمی علوم کامپیوتر در شرکتها و صنایع مرتبط قطعا بسیار مهم است. متاسفانه در دیدگاه فعلی در صنعت اولویت 1 استخدامها فارغ التحصیلان دانشکده های مهندسی هستند. در این بین لازم است با معرفی صحیح توانمندی های فارغ التحصیلان علوم کامپیوتر (ضمن تقویت سطح آموزش علوم کامپیوتر) تفاوت میان فارغ التحصیلان علوم کامپیوتر و مهندسی کامپیوتر را به نزدیک صفر و در آینده نزدیک به صفر برسانیم. دعوت از متخصصان صنعتی و مدیران عامل این شرکتها در کنفرانسها و سمینارهای علوم کامپیوتر قطعا در این راستا مفید است. 
پیشنهادهای زیر می تواند در راستای بهبود مرجعیت علمی مورد توجه قرار گیرد:
  • هر چیزی که متعدد و پرتکرار (بیش از اندازه) شود بی ارزش می شود. نه با روشهای سلبی، بلکه با فرهنگسازی و ملایمت، بهتر است جامعه علوم کامپیوتر به سمتی برود که به جای کنفرانس ها و مجلات و رویدادهای پرتکرار و خلوت محلی، رویدادهای ملی با مهمانان خارجی و با کیفیت عالی برگزار کند. کمیسیون علوم کامپیوتر نیز صرفا از برگزار کنندگانی حمایت کند که جمعیت علوم کامپیوتری کشور را به سمت دورهمی های سالانه با مشارکت حضوری اساتید در یکی از دانشگاه ها پیش ببرد. البته در کنار برگزاری حضوری، ایجاد مشارکت به صورت مجازی هم نباید مورد غفلت قرار گیرد. می توان انتظار داشت کنفرانسهای کوچک با ائتلاف در هم ادغام شوند و با کمک کمیسیون تخصصی علوم کامپیوتر، سالانه یک یا دو رویداد به یادماندنی با کیفیت با داوری منصفانه و با چاپ مقالات مناسب داشته باشیم.
  • در جامعه ای که مهندسان کامپیوتر (اغلب و نه همه) متخصصین علوم کامپیوتر را کامپیوتری نمی دانند و بدتر از آن فارغ التحصیلان علوم کامپیوتر (تعداد قابل توجهی و نه همه) نیز با اعتماد به نفس کمتر در آرزوی مهندس شدن تلاش می کنند، روشنگری در خصوص تفاوت این دو رشته ضروری تر است. باید بر داشته های منحصر به فرد هر یک از این دو رشته تکبه کرد. دانشجوهای علوم کامپیوتر بجز درسهای مشترک می توانند دروس مهندسی را به جهت شغل یابی سریعتر یاد بگیرند ولی این نباید به معنای تضعیف خود در زمینه های مدلسازی مسائل، الگوریتم، بهینه یابی، و کارهای بنیادی و تئوری شود. لذا بایستی اهمیت مفاهیم بنیادی علوم کامپیوتر را که در مهندسی کمتر به آن پرداخته می شود، پررنگ تر نمود. همچنین باید تلاش کرد، در حیطه های صنعتی نیز اهمیت این مطالب را مشخص تر بیان نمود.
  • واقعیت این است که بین دانشجویان و فارغ التحصیلان علوم کامپیوتر و مهندسی کامپیوتر تفاوتهایی هست و در شرایط مساوی هر کدام از این افراد در حوزه کاری خود ترجیح پذیرند. مثلا در شرایط مساوی، برای کار شبکه و امنیت در یک سازمان، دوستان مهندسی کامپیوتر پیشنهاد می شوند و برای کارهای هوش تجاری، دوستان علوم کامپیوتر آمادگی بیشتری دارند. لذا درک تفاوت ها می تواند از رقابت های کاذب جلوگیری کند.

در پایان تجربیات یکی از همکاران گرامی که خود فارغ التحصیل مهندسی کامپیوتر بوده و در گروه علوم کامپیوتر مشغول به کار هستند، و نیز تجربه همکاری و تدریس در دانشگاه های اروپا را دارند، ارائه می گردد. بر اساس تجربیات ایشان، اگرچه در تحقیق اکثرا اساتید دانشگاه بروز هستند، لیکن یکی از مشکلات علوم کامپیوتر و مهندسی کامپیوتر، ادامه دادن محتوای تدریس مربوط به یک یا دو دهه ی قبل است. ایشان معتقد هستند که با بروز رسانی دروس و محتوای آنها می توان در گروه های علوم کامپیوتر برای فارغ التحصیل آن موقعیت های شغلی مناسبی ایجاد نمود. این امر باید از تک تک اساتید شروع شود. ایشان معتقد هستند که مثلا به جای درس سیستم عامل، بهتر است درسی تعریف شود که دربرگیرنده مفاهیم سیستم عامل، شبکه و پردازش ابری و پردازش توزیع شده باشد. البته کمیسیون علوم کامپیوتر هنوز به صورت ریشه ای برای اصلاح برنامه کارشناسی ورود نکرده است و لذا در تایید یا عدم تایید این گزاره نظری ندارد. لیکن توجه به بهبود روشهای آموزشی و سرفصل ها، قطعا در ایجاد مرجعیت علمی رشته علوم کامپیوتر موثر است.